TANI KONULMASINDA BÜTÜNCÜL YAKLAŞIM

NGS Cloud ile Kopya Sayısı Değişikliği (CNV) Analizi 

Yapay Zekâ Destekli Genetik Veri Analiz Platformu NGS Cloud ön tanı olarak CHARGE sendromu düşünülen bir bebekte CNV analiz imkânı ile tanıya ulaştı.

Her gün yeni bir gen-fenotip ilişkisinin tanımlandığı günümüzde bu hıza yetişmek oldukça güç bir hal almaktadır. Son on yılda çok ciddi ilerlemeler kaydedilebilmiş olmasına rağmen ekzom analizi tanı oranları %25-40 civarında kalmaktadır (1). Genetik test sonrası tanı konulamamış vakaları periyodik olarak yeniden analiz etmek, analizde kullanılan bütün araçları güncel tutmak ve en yeni literatür bilgisini dahil etmek ve CNV analizi ile delesyon ve duplikasyon gibi kopya sayısı değişikliği tipinde varyantları da analize dahil etmek tanı oranlarını yukarı çekmede mutlaka izlenmesi gereken yöntemler olarak karşımıza çıkmaktadır (2).

Vaka:

Tek tarafalı aniridi, mikroftalmi, tek taraflı koriyoretinal/iris/lens koloboma, strabismus, mikrosefali, arkaya dönüku kulaklar, ASD, VSD, proksimal yerleşimli ayak baş parmağı, solunum sıkıntısı, umbilikal herni ve tek taraflı böbrek agenezisi bulgularına sahip 2.5 aylık bir kız bebekte Pairend klinik ekibi ayırıcı tanıdaki heterojenite sebebiyle WES analizini tavsiye etti.

Yöntem ve Bulgu:

FASTQ formatındaki veri, PECULIAR (PairEnd Client UpLoad & Integrated Analysis of Raw data) aracılığıyla NGS Cloud platformu’na yüklendi. Klinik veriler HPO (Human Phenotype Ontology) terimleri (3) kullanılarak girildi. Klinik terim ontolojilerinin ortak bir alanda kullanılmasına olanak tanıyan HOPE (Harmonization of Ontologies by PairEnd) yardımıyla fenotip ile güçlü ilişkili potansiyeli olan varyantlar önceliklendirildi. Son basamakta da otomatik analiz olan GENIUS (GENe Interactions Under Scope) ile dakikalar içinde DiGeorge Sendromu’nu kritik bölgesi olarak bilinen 22q11.2 bant bölgesinde yaklaşık 3 Mb’lik heterozigot delesyon tespit edildi. (Resim 1).

Resim 1. NGS Cloud CNV Analiz Sonucu Gösterimi

Sonuç:

Günümüzde çoğu vaka (%60-75) ilk genetik analiz sonrası çözümlenmeden kalmakta ve daha sonra yeniden analizler ile tanı alabilmektedir (4). Bu zorluğun üstesinden gelmek için NGS Cloud platformu, ileri düzey ve güncel biyoinformatik işlemlerin entegrasyonu, gen-fenotip ilişkileri ve varyantlar ile ilgili yeni yayınları ve veri noktalarını literatür madenciliği ile otomatik olarak güncellemesi, uygun veri altyapısı ve CNV analizinin de dahil edildiği bütüncül yaklaşımı sayesinde tanı oranını arttırma, analiz zamanını kısaltma, manüel veri işlemlerini azaltma ve en önemlisi daha doğru klinik değerlendirme imkânı sunmaktadır.

Referanslar:

1.   Trujillano D et al (2017) Eur J Hum Genet. 2017;25(2):176‐182. doi:10.1038/ejhg.2016.146

2.  Frésard, L et al (2018) Cold Spring Harb Mol Case Stud., 4(6), a003392. https://doi.org/10.1101/mcs.a003392

3.  Köhler S et al (2019) Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D1018‐D1027. doi:10.1093/nar/gky1105

4.  Baker SW et al (2019) J Mol Diagn. 2019;21(1):38‐48. doi:10.1016/j.jmoldx.2018.07.008