-
TR
TR
GENOMİK VERİ TRANSFERİ
Genomik verinin biyoinformatik analizinin yüklenme sonrasında otomatik olarak başlayabilmesi için verinin üretildiği merkezden Türkiye'de bulunan sunucularımıza bu verinin ulaşması gerekmektedir. NGS Cloud platformu FASTQ, BAM ve VCF formatlarında kabul ettiği veriyi ulaştırabilmeniz için üç ayrı seçenek sunmaktadır:
1. Lokal dosya yükleme (Upload Local Files)
2. Sunucudan sunucuya transfer (Server 2 Server Transfer)
3. PECULIAR (PairEnd Client UpLoad & Integrated Analysis of Raw data)
Veri transferinin pratik ve zahmetsiz ilerleyebilmesi için sunduğumuz seçenekler arasında PECULIAR ile internet bağlantısı kopmalarından etkilenmeden verilerinizi kargo ya da postalama gibi veri güvenliğini tehlikeye atacak (1) yöntemlere başvurmadan gerçekleştirebilirsiniz.
NGS Cloud kullanıcı adı ve şifreniz ile giriş yaparak güvenli ve özel bir sahadan verilerinizi ulaştırmak için farklı seçeneklere ulaşabilirsiniz. Dosyalarınızı sürükleyerek lokal bilgisayarınızdan yükleyebilir ya da yüklü olduğu URL bağlantısını girerek yükleyebilirsiniz. Ayrıca Dropbox ile uyumlu olarak da çalışabilmektedir.
Teorik olarak insan genomuna yönelik yapılan testlerden elde edilebilecek veri büyüklüklerini bulabilirsiniz (Tablo 1).
Tablo 1. Analize göre tahmini veri boyutları (2)
|
Analiz |
Ortalama kapsama |
Üretilen veri (Gb) |
|
Tüm ekzom dizileme (WES) |
100x |
8 |
|
Tüm genom dizileme (WGS) |
30x |
120 |
Veri transferinin ne kadar sürede gerçekleşeceği sahip olunan internet bağlantısının özelliklerine bağlıdır. İnternet hizmetinin yükleme (upload) hızı bir verinin karşı tarafa ne kadar sürede tamamlanacağını belirleyen en önemli faktördür. Farklı yükleme hızlarına göre Tablo 1’de tahmini boyutları verilen WES ve WGS verilerinin yükleme sürelerini fikir vermesi açısından bulabilirsiniz. (Tablo 2).
Tablo 2. Farklı yükleme hızlarına göre veri yükleme süreleri (3)
|
Yükleme Hızları (Mbps) |
Veri Yükleme Süreleri (saat:dakika:saniye) |
|
|
WES |
WGS |
|
|
2 |
08:53:20 |
133:20:00 |
|
4 |
04:26:40 |
66:40:00 |
|
10 |
01:46:40 |
26:40:00 |
|
50 |
00:21:20 |
05:20:00 |
|
100 |
00:10:40 |
02:40:00 |
|
1000 |
00:01:04 |
00:16:00 |
Sonuç olarak, uluslararası standart ve iyi uygulamaları yakından takip eden GA4GH (Global Alliance for Genomics & Health) üyesi olan Pairend’in özel çözümleri ile genetik veri transferinizi güvenli ve konforlu bir şekilde gerçekleştirebilirsiniz.
Referanslar:
EN
