TANI KONULMASINDA BÜTÜNCÜL YAKLAŞIM

NGS Cloud ile Kopya Sayısı Değişikliği (CNV) Analizi

Yapay Zekâ Destekli Genetik Veri Analiz Platformu NGS Cloud, vefatı sebebiyle tek tanı testi imkânı tüm genom dizilemesi (WGS) kalmış bir vakada CNV analiz imkânı ile tanıya ulaştı.

Her gün yeni bir gen-fenotip ilişkisinin tanımlandığı günümüzde bu hıza yetişmek oldukça güç bir hal almaktadır. Son on yılda çok ciddi ilerlemeler kaydedilebilmiş olmasına rağmen yeni nesil dizileme ile tanı oranları %25-40 civarında kalmaktadır (1) de . Genetik test sonrası tanı konulamamış vakaları periyodik olarak yeniden analiz etmek, analizde kullanılan bütün araçları güncel tutmak ve en yeni literatür bilgisini dahil etmek ve CNV analizi ile delesyon ve duplikasyon gibi kopya sayısı değişikliği tipinde varyantları da analize dahil etmek tanı oranlarını yukarı çekmede mutlaka yapılması gerekenler olarak karşımıza çıkmaktadır (2).

Vaka:

Mikroftalmi, proboscis, tek burun deliği, yarık damak, holoprozensefali, patent duktus arteriyozus, pulmoner hipertansiyon anormalliklerine sahip ex bebeğin intrakardiyak kan örneğinden tüm genom dizilemesi yapılmıştır.

Yöntem ve Bulgu:

BAM formatındaki veri, PECULIAR (PairEnd Client UpLoad & Integrated Analysis of Raw data) aracılığıyla NGS Cloud platformu’na yüklendi. Klinik veriler HPO (Human Phenotype Ontology) terimleri (3) kullanılarak girildi. Klinik terim ontolojilerinin ortak bir alanda kullanılmasına olanak tanıyan HOPE (Harmonization of Ontologies by PairEnd) yardımıyla fenotip ile ilişkili olan varyantlar önceliklendirildi. Son basamakta da otomatik analiz olan GENIUS (GENe Interactions Under Scope) yardımı ile 13. kromozomun üç kopya halinde olduğu (Trizomi 13) tespit edildi (Resim 1).

Resim 1. NGS Cloud CNV Analiz Sonucu Gösterimi

Sonuç:

Günümüzde çoğu vaka (%60-75) ilk genetik analiz sonrası çözümlenmeden kalmakta ve daha sonra yeniden analizler ile tanı alabilmektedir (4). Bu zorluğun üstesinden gelmek için NGS Cloud platformu, ileri düzey ve güncel biyoinformatik işlemlerin entegrasyonu, gen-fenotip ilişkileri ve varyantlar ile ilgili yeni yayınları ve veri noktalarını literatür madenciliği ile otomatik olarak güncellemesi, uygun veri altyapısı ve CNV analizinin de dahil edildiği bütüncül yaklaşımı sayesinde tanı oranını arttırma, analiz zamanını kısaltma, manüel veri işlemlerini azaltma ve en önemlisi daha doğru klinik değerlendirme imkânı sunmaktadır.

Referanslar:

1.   Trujillano D et al (2017) Eur J Hum Genet. 2017;25(2):176‐182. doi:10.1038/ejhg.2016.146

2.  Frésard, L et al (2018) Cold Spring Harb Mol Case Stud., 4(6), a003392. https://doi.org/10.1101/mcs.a003392

3.  Köhler S et al (2019) Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D1018‐D1027. doi:10.1093/nar/gky1105

4.  Baker SW et al (2019) J Mol Diagn. 2019;21(1):38‐48. doi:10.1016/j.jmoldx.2018.07.008